信用保証協会は、「信用保証協会が保証人の肩代わりをすることにより、中小企業者による借入をスムーズにすること」を目的に設立され公的機関です。

信用保証協会は都道府県ごとに設立されており、その区域内の企業を対象に業務を行っています。

日本政策金融公庫と信用保証協会の決定的な違いは、日本政策金融公庫は公庫自体が直接企業に対して融資を行いますが、信用保証協会は保証の代行をするのみで直接の融資は一切行いません。
あくまで融資を行うのは銀行や信用金庫などの金融機関です。

日本政策金融公庫の融資においても信用保証協会の保証を利用することは可能です。